مدرسه فلیکس دوباره جن‌زده شده است، اما این بار موضوع روح مهربان موسس مدرسه، اتو لئونارد و دردسرهای او نیست، بلکه مدیر منفور و مدت‌ها پیش مرده، هولدا استینگ‌برد است. یک اتفاق باعث می‌شود که مدیر سابق کوچک‌شده و اسکلتی دوباره برخیزد و منجر به هرج و مرج شود...

بانوی شرور استینگبرگ مدرسه را تسخیر میکند و حال فلیکس و الا و گروهی از بچه ها سعی دارند مدرسه را نجات دهند و والدین فلیکس را برگردانند و ...

فلیکس یازده‌ساله که همین حالا هم برای سازگار شدن با مدرسه جدیدش روزگار سختی را می‌گذراند، با کوچک کردن تصادفی مدیر سخت‌گیرش به قد فقط پانزده سانتی‌متر، زندگی‌اش وارد مسیر عجیبی می‌شود!